Una nuova direzione per la genomica?

Il futuro della genomica è ora oggetto di un serio dibattito. In effetti, il New York Times ha riferito che il gene stesso sta avendo una crisi di identità. Ciò ha implicazioni enormi per la medicina genetica e l'intera impresa biotecnologica.

Il New England Journal of Medicine ha recentemente pubblicato una serie di articoli che trattano lo stato dell'arte degli studi di associazione su tutto il genoma (riassunti qui). Il problema, tutti d'accordo, è che le variazioni genetiche comuni sono solo legate a una piccola percentuale di malattie comuni.

Inoltre, la maggior parte delle varianti riscontrate "non si adattano ai cambiamenti degli amminoacidi nelle proteine" ma sembrano influenzare l'espressione genica, e lo fanno in vari modi, secondo l'articolo di recensione di John Hardy e Andrew Singleton. Il legame genetico a una malattia come il diabete può essere reale, ma associato a così tante diverse parti del genoma, ognuna con un effetto molto piccolo, che, scrive David Goldstein, "nel puntare tutto, la genetica non punta al nulla".

(Per inciso, questo solleva dubbi sul futuro delle società di genomica privata, che Goldstein deride facendo "genetica ricreativa" i cui dati hanno "poca o in molti casi nessuna rilevanza clinica").

C'è anche il problema fondamentale che l'intero concetto di "gene" è stato messo in dubbio da qualche tempo a questa parte. E in ogni caso, come sottolineano Hardy e Singleton, "Gli studi sull'associazione di Genomewide identificano i loci e non i geni di per sé."

Tutto ciò significa che, sebbene il sequenziamento genomico sia migliorato notevolmente, come procedere è controverso. Alcuni ricercatori suggeriscono che l'attenzione dovrebbe spostarsi dagli studi di associazione. Sono fortemente sostenuti da Steve Jones, uno dei principali genetisti britannici, scrivendo sul Daily Telegraph , che si preoccupa di "buttare soldi dopo male":

[M] ogni genetista ora pensa che la costante pressione di campionare migliaia e migliaia di persone per una miriade di geni sconosciuti che hanno un effetto minuscolo possa essere malriposta. Invece, sarebbe meglio abbandonare l'approccio scattergun e leggere tutti i tremila milioni di lettere del DNA di un numero molto più piccolo di individui, sani e malsani, per vedere in dettaglio cosa sarebbe potuto andare storto.

Jones apre la sua opera ammettendo che sta mordendo la mano che lo nutre, in "criticare [ing] il programma di ricerca del Wellcome Trust", la più grande fonte privata di finanziamenti medici nel Regno Unito e la seconda più grande al mondo. (Dice che sta esprimendo le opinioni di "un branco di biologi rinnegati" ma, forse per l'ovvia ragione, non nomina nessun altro.)

Il direttore del Trust ha reagito con forza, difendendo le proprie decisioni di finanziamento, ma ha ammesso che:

Forse non era così semplice come qualcuno sperava … Ovviamente è risultato che ci sono centinaia di geni coinvolti nelle malattie comuni e hanno effetti singolarmente piccoli.

La buona scienza è, come spesso accade, sollevare più domande che risposte. Mandarli in onda può solo essere sani, ma ci ricorda che la medicina genomica potrebbe essere più lontana di quanto si pensasse una volta, e che le spiegazioni genetiche sono molto più complesse di quanto molti pensassero.

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